Las primeras noticias acerca de la fabricación de organillos se remontan a Europa en el siglo XIX y es Giovanni Battista Bacigalupo a quien se atribuye la creación de los mismos. Nacido en Módena, Italia en 1847, Battista se trasladó a Londres para aprender a fabricar instrumentos. Se estableció después en la localidad alemana de Prezlauer Berg, asociado con su compatriota Chiario Frati y en 1873 abrieron un taller dedicado a la fabricación de organillos, bajo la firma Frati & Co.
El éxito y la fama de la empresa crecieron, y la fábrica se expandió hacia otros locales. En esa época los organillos berlineses se exportaban a Europa y América; éstos empezaron a llegar a Argentina, Chile y México en la primera mitad de 1880, a través de comercializadores alemanes instalados en los países latinoamericanos, cuando este tipo de productos habían ganado reputación por su calidad e innovaciones.
La comercialización de los organillos hacia el territorio mexicano estuvo vinculada a la casa de música Wagner y Levien, una empresa con sucursales en la Ciudad de México, Guadalajara y Monterrey, en donde se vendían toda clase de instrumentos, entre ellos los organillos.
La figura del organillero o cilindrero ambulante pronto tuvo presencia en ferias y plazas del territorio mexicano. Poco a poco se incorporaron en su repertorio melodías mexicanas, como valses de Juventino Rosas y canciones de la Revolución mexicana. Hacia 1960 el gobierno de la Ciudad de México llegó a un acuerdo con los dueños de los organillos para uniformarlos y que éstos siguieran deambulando en las calles. Los pocos que aún se dedican al oficio se mantienen de los donativos voluntarios.
En la actualidad, sólo tres países de América Latina continúan con el tradicional oficio de organillero: México, Chile y Argentina, aunque cada vez son menos personas que lo realizan. México es el que tiene más arraigada esta tradición.
El nombre del instrumento tiene su más remoto origen en el dios Pan, representado como un ser mitad humano y mitad animal, que la cultura griega adoptó como un semidios y se le atribuye la invención de la siringa, instrumento de viento base de todas las flautas.