José Francisco Naranjo de la Garza nació en Lampazos, Nuevo León el 17 de abril de 1839. Desde joven intervino en campañas en contra de los naturales de la región y a los 16 años se integró en las filas del ejército de Santiago Vidaurri y Juan Zuazua para apoyar el Plan de Ayutla, que buscaba poner fin a la dictadura de Antonio López de Santa Anna; obtuvo el grado de alférez debido a sus acciones durante las campañas en Monterrey, Saltillo y San Luis Potosí.
De 1859 a 1862, perteneció al segundo regimiento de caballería de Nuevo León; participó en la Guerra de Reforma y peleó durante la Segunda Intervención Francesa, en contra del establecimiento de la monarquía de Maximiliano de Habsburgo en el territorio nacional. Combatió en el sitio de Puebla, con el grado de comandante de escuadrón y combatió a las fuerzas del general francés Elías Forey.
Pese a que las fuerzas nacionales no pudieron repeler el embate extranjero y se estableció el imperio francés en México, el desempeño de Naranjo le valió el nombramiento de teniente coronel en junio de 1864 y pocos meses después el de coronel.
Concluida la Intervención Francesa fue inspector de las colonias militares de Nuevo León, Coahuila, Durango, Sonora, Chihuahua y Sinaloa. Volvió a destacar en la milicia cuando apoyó a Porfirio Díaz en 1871 y el Plan de la Noria, en contra de la reelección de Benito Juárez a la presidencia, y luego en 1876 con el Plan de Tuxtepec, contra la relección de Sebastián Lerdo de Tejada.
Una vez que Díaz fue elegido como presidente por primera vez, Naranjo volvió a la inspección de las colonias militares; al asumir la presidencia Manuel González recibió el ascenso a general de división y en 1882 fue nombrado secretario de Guerra y Marina en sustitución de Jerónimo Treviño.
Sin embargo, a partir del segundo periodo presidencial de Díaz en 1885, Naranjo fue relegado junto con otros jefes militares y se instaló en Lampazos, ya que constituía una amenaza al régimen porfirista que encaraba la figura de Bernardo Reyes en el estado de Nuevo León.
El 18 de febrero de 1887 le fue otorgado el retiro del ejército, por sus más de 30 años de servicio. Murió en la ciudad de México el 22 de junio de 1908. Sus restos se encuentran depositados bajo la columna levantada a la memoria de Benito Juárez en la explanada de los héroes, en Monterrey.